En el Fuero de Madrid del año 1202, se declara a San Nicolás como una de las iglesias más viejas de la ciudad, siendo una de las diez parroquias existentes por aquel entonces.
El templo, pequeño en su origen, ha sufrido infinidad de incendios y calamidades, hasta llegar a nuestros días. Restaurado en 1952, su torre de alminar data del siglo XII. Está construida en ladrillo a la manera morisca. Descartada la función de torre de mezquita, constituye sin duda el elemento más característico del templo. En el siglo XVII fue rematada con el típico chapitel madrileño. Fue declarada Monumento Nacional en 1931.
La iglesia, de tres naves, mantiene en la central el carácter más primitivo y original, contando además con una pequeña bóveda gótica posterior.
En su registro parroquial, que data del año 1400, se encuentra la partida bautismal de Alfonso de Ercilla, autor de 'La Araucana', epopeya de la conquista de Chile. También estuvo enterrado el arquitecto Juan de Herrera,importante autor de obras singulares de Madrid.
En el templo se venera una imagen de San Nicolás de Bari. Es costumbre entre los vecinos, ir a rezar a su imagen todos los jueves santos, pues según la tradición se invoca así a la buena suerte.
