Situado en la vía de comunicación natural que pone en contacto los valles del Ebro, Duero y Tajo, posiblemente bien fortificado y además aprovechando las defensas naturales en la cima de San Juan del Viso, el núcleo poblacional indígena de Alcalá de Henares, durante la Segunda Edad del Hierro, estaba encuadrado en la región conocida como 'Carpetania' y ha sido denominado por la tradición con el nombre de 'Iplacea', ciudad mítica y literaria, supuestamente fundada por troyanos derrotados en la guerra contra los aqueos.
Esta pequeña urbe es la que encontrarían las tropas del Cónsul romano
Catón que anduvo por el valle del Henares hacia el 195 a.C., o el Pretor
Fulvio Nobilior que derrotó, hacia el 193 a.C., a una coalición de pueblos carpetanos junto al Río Tajo, posiblemente no muy lejos de
Toledo. Con la romanización y el crecimiento posterior la nueva población deja las alturas y se desplaza hasta el valle.
Se convierte de este modo en una ciudad estructuralmente romana, organizada en torno a un 'Decúmano' (calle con orientación este-oeste en un campamento militar o colonia) y un 'Cardo' (con orientación norte-sur), con edificios públicos típicamente romanos. Recibe entonces el nombre latino de 'Complutum', 'lugar donde se reunen las aguas' y era considerada el sexto descanso en la vía que comunicaba 'Augusta Emerita' (Mérida) con 'Caesar Augusta' (Zaragoza).
Cuando los musulmanes conquistan la ciudad a finales del siglo IX, construyen en la orilla del río una fortaleza, para vigilar y defender el territorio frente al acceso de las huestes cristianas, que intentaban descender al valle del Jarama desde los altos de Somosierra, o llegar hasta el valle del Henares desde Atienza y las zonas orientales de Castilla o desde Zaragoza. Recibe entonces el nombre de 'Al Qalat Nahar' o 'Al-Qul’aya', 'fortaleza para defender el río'.
A pesar de la histórica conquista de Toledo por Alfonso VI en 1085 y de su dominio de la comarca inmediata, la fortaleza de Alcalá la Vieja continuaría bajo el dominio musulmán hasta que en 1118 el arzobispo de Toledo, Don Bernardo, llevó sus ejércitos al importante enclave de Alcalá, en donde consiguió rendir la plaza. Así se convirtió definitivamente en Alcalá de Henares.
Henares se denomina el río que cruza su término, llamado en época romana 'Faenarius', o corriente que atraviesa campos de heno.
En un documento signado en la ciudad de Valladolid, a 20 de mayo de 1293, el rey Sancho IV otorgaba los privilegios fundacionales del 'Estudio General' de Alcalá de Henares, origen de la 'Universitas Complutensis', fundada en los últimos años del siglo XV por el Cardenal Ximénez de Cisneros.
Para acabar debemos resaltar que la ciudad de Alcalá de Henares, que vio nacer al inmortal Miguel de Cervantes Saavedra en 1547, fue declarada 'Ciudad Patrimonio de la Humanidad' por la UNESCO el 2 de diciembre de 1998.